关于大豆转基因的争论已有多年，如今对于进口大豆的担忧更是已经超出了现货层面——由于豆二期货对应的现货市场规模之庞大，不少人担心，只要在政策层面稍微放宽限制，豆二就会火爆异常，从而让豆一遭受压力甚至被边缘化。
有人建议，在国家对转基因大豆进口政策短期难以改变的情况下，可以借鉴其他品种保税交割的经验盘活豆二。果真如此，交易主体可以在保税区对转基因大豆进行交割，从而规避了买方身份限制，为贸易企业参与豆二期货交易打开了方便之门。须知，近几年我国进口转基因大豆每年都超过了5000万吨，如此庞大的贸易量，将为变革后的豆二期货市场提供广阔的发展空间。
但这又给保护国产大豆出了难题。如上所述，在总量资金和投资者群体都既定的格局下，豆二期货的活跃，难免会对豆一的成交规模带来冲击。而豆一期货趋于清淡，对国内大豆产业的保护并非好事。从这个角度来说，转基因之争已蔓延到了期货市场。“豆二眼下的表现虽然一般，但对豆一来说却始终是不能忽视的竞争对手，甚至可以说是豆一的"影子杀手"。”一位来自产区的现货业人士对记者不无忧心地说。
也有观点认为，由于进口大豆的高含油率，而国产大豆比价较高，产量不足，逐渐面临着用途单一化和边缘化的境地，预计未来豆一品种会逐渐脱离油厂的供应链，完全由进口转基因大豆代替。因此，“豆一品种即便转为清淡也更多的是因为自身原因，而不是简单因为豆二的崛起。”江西瑞奇期货的梁峰说。
事实上，随着国内大豆产量和市场份额节节下滑，多年的明星品种豆一现在成交量与持仓量不断下挫，市场表现更多的时候归于平淡。而豆粕由于不受转基因问题困扰，已取而代之成为大豆系列的龙头品种。
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