农业部文件提出，将依法从严处理不合格种子企业，对整改不力或无效的企业，要暂停其生产经营活动并重新审查生产经营资格。业内分析师认为，农业部的抽查显示出清理和净化种子市场的决心，有利于优势种子在竞争中胜出。此外，个别产品质量曾被公认为比较好的合资公司也名列其中，值得全行业反思如何真正保障农业用种安全。
春季抽查不合格率14.9％
为进一步强化种子市场监管，农业部组织开展了2011年春季种子市场联动抽查工作，重点对市场上销售的玉米、水稻、棉花、大豆和当地重要农作物种子进行了质量抽查，并对2010年冬季种子企业监督抽查玉米、水稻种子样品进行了品种纯度田间鉴定。
其中，2011年春季种子市场联动抽查的对象是北京等24个省（区、市）种子集中交易市场上销售的农作物种子，共抽取648个种子经营者的1195个种子样品，涉及玉米、水稻、棉花、大豆等30种作物，检测了净度、水分和发芽率等三项质量指标，并对杂交玉米和杂交水稻种子进行了品种纯度田间种植鉴定。
抽查的1195个种子样品中，所检项目均符合要求的有1017个，占样品总数的85.1％。从作物种类看，593个玉米杂交种子样品中，净度、水分、发芽率和品种纯度均符合要求的有510个，合格率为86.0％；303个水稻杂交种子样品中，净度、水分、发芽率和品种纯度均符合要求的有278个，合格率为91.7％。
从严处理不合格企业
文件要求，各省（区、市）农业行政主管部门要高度重视并积极做好种子质量抽查和依法查处的跟进工作，坚决实行检打联动，对抽查不合格种子要逐个查清来源和经营情况，依法从严处理不合格种子企业。
文件还提出，各级农业行政主管部门要按照规定，督促不合格企业切实进行有效整改并提交整改报告。有关种子管理机构要安排专人定点负责，要求种子企业封存抽查不合格的库存种子，杜绝不合格种子上市销售，并对整改措施落实情况进行现场验收。对整改不力或无效的企业，要暂停其生产经营活动并重新审查生产经营资格。各级农业行政主管部门要强化种子市场监管，把抽查质量严重不合格的企业列入监管黑名单，作为今后种子行政许可事后监管和日常执法的重点。
根据2011年春季种子市场联动抽查质量不合格结果，涉及多家上市公司的下属公司。其中，敦煌种业先锋良种有限公司在辽宁销售的先玉420、32D22发芽率不合格，敦煌种业在辽宁销售的吉单261水分不合格，绵阳敦煌种业有限公司在四川销售的敦玉518纯度不合格。
另据有关报道显示，有国内二号玉米种子之称的“吉祥一号”品种正遭遇全国范围的私繁滥制，其中包括敦煌种业等知名企业，敦煌种业被侵权培育出的“吉祥一号”品种的种植面积几乎同合法品种一样多。
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